Отвечаю скопом:
(сейчас я буду говорить о самом нынче user-frendly дистрибутиве Ubuntu, но почти всё это и применимо к остальным)
Софта для линукса в Томске больше чем софта для венды. Допустим, всего один репозитарий для Ubuntu (который сейчас самый продвинутый в плане user-frendly) занимает 25-30Гб. Просто система установки тут гораздо проще - в самой оболочке убунты есть менеджер программ. В него заходишь, и видишь тысячи пакетов с описаниями, разделённые по категориям, возможность разнообразного поиска. Если что-то хочешь поставить, тыкаешь галочку установить, и apt (менеджер пакетов) САМ выкачивает из томских репов пакет, нужные зависимости, устанавливает куда надо, настраивает и помещает ярлыки в менюшки. И если надо удалить, просто снимаешь галку с пакета и он всё чисто и аккуратно удаляет, без следов. Плюс репов ещё и в том, что туда попадают явно проверенный софт, который точно будет работать на этой системе. Но можно и просто пакет вытянуть, если сильно редкая софтина. кстати, они обычно совсем мелкие.
Линукс основан на open-source софте (с открытыми исходными кодами). Миллионы разработчиков по всему миру. Плюсы:
1. безопасность - каждый может заглянуть в исходники, найти ошибку и что-то оперативно поправить.
следствие - ошибки в программах и ядре (которое тоже открыто) находятся и устраняются максимально быстро.
2. отсутствие чёрных ходов. в общем понятно, первая мессага была именно про них
3. стабильность. да, именно оно. каждая функция годами может отрабатываться и вылизываться до идеального состояния большим количеством разного народу, и потом КАЖДЫЙ желающий разработчик может включить её в свою программу. не надо каждый раз изобретать велосипед, обычно кривой и косой, как это делают в закрытых приложениях.
4. качество. т.к. проекты открыты, то разработчики обычно включаются в развитие уже начатого проекта, дописывая новые функции и отлаживая старые. из этого получается, что софта как бы меньше чем на закрытых платформах, но он на много порядков качественнее, и функции покрывает те же, и намного больше.
5. ну и естественно всё это не требует никаких лицензий и отчислений.
Кстати, у нас в конторе у некоторых стоит лицензионная венда, а на ней свободный софт - gimp, xchat, OpenOffice, т.к. не требует денег.
По поводу аналогов - почти для всего есть. Точнее не аналоги, а софт, выполняющий те же функции.
http://www.linuxrsp.ru/win-lin-soft/table-rus.html- вот есть тут табличка аналогов, хотя достаточно старая. Есть много софта кросплатформенного, т.е. то же самое на разных платформах, типа Xara X, OpenOffice, Neuro, FireFox, Thunenbird, etc...
Совместимость с вендовым софтом и данными. Совместим. Дошло уже до того, что убунта при установке, обнаружив венду, спрашивает: скопировать ли ЗАКЛАДКИ из браузера, почту и документы в линукс? Это просто пестня

Поддерживаются все вендовые файловые системы, и ещё куча других. Обычно автоматом примонтируются, и на рабочем столе появляется ярлычок диска.
Вендовый софт запускается 2мя способами: врапперами типа wine и виртуальными машинами. Для примера, если скачать (допустим любимым файрфоксом

с сайта дубльгиса файлик setup.exe, запустить его в линуксе (двумя кликами на иконке в файлбраузере, аки в проводнике), возникнет обычный диалог установки даблгиса, после установки в менюшке и на десктопе возникает его иконка, которую можно запускать и получать этот самый дубльгис

естественно, в фоне это всё обрабатывается умным враппером/эмулятором wine, но юзер этого не видит. Запускал спокойно фотошоп cs2, ради интереса. работает и есть не просит

Для супернавороченного софта можно запустить виртуальную машину, поставить в неё венду и там пускать. У меня в виртуалке живёт венда и специфические средства разработки под неё. Отключена от всех внешних коммуникаций, ибо нефиг. Выглядит это так: везде вокруг линукс, а в окошке венда с панелью пуск, а в ней визуалстудия

хотя можно и на полный экран растянуть. всё это у меня работает на ноуте celeronM 1.5ГГц, 1Гб памяти, не падает и не тормозит. Результаты сохраняются на линуксовую партицию, которая спецом подключена к виртуалке. Если что-то в венде ломается, то я просто восстанавливаю нужную конфигурацию за 3 минуты из файла бэкапа виртуальной ФС.
Игрушки. Есть нативные линуксовые, многие стрелялки типа Unreal, Quake, settlers вроде, etc... Можно запускать так же через враппер, допустим героев. И есть ещё специальный проект Cedega, который нацелен на запуск вендовых игрушек под линуксом. Вот его база проверенных игр, которые точно пускаются (или не пускаются):
http://games.cedega.com/gamesdb/По основным моментам вроде пробежался, задавайте вопросы, с удовольствием отвечу.